Lé humains se sont lancés a la conquête de l'espace av le développemen de la technologie.Ils ont crés de gigantesques colonies spaciales regroupant des villes entières.Ceux qui ont amorcés ces vastes chantiers sont les Coordinateurs, des êtres "supérieurs" ayant subis des modifications génétiques.Ils proclament leur indépendance par rapport a l'Alliance Terrestre et céer leur propre gouvernement: ZAFT.Hélas, les tensions entre les Naturels (personne n'ayant subis aucune modification génétique) et les Coordinateurs se font ressentir et un conflit militaire explose entre l'alliance terrestre et les colonies rebelles telles que PLANT.L'alliance terrestre lance alors une bombe thermonucléaire sur la colonie civile, Junius 7, causant la mort de centaine de milliers de personnes.
An 70 de l'ère cosmique,cela fait presque 11 mois que la guerre a commencé et aucun signe de paix n'est visible.La colonie spatiale d'Héliopolis suit les informations de loin. Kira Yamato, un coordinateur, y vit av ses amis. Soudain la colonie se fait attaquer par ZAFT qui tente d'empêcher le transfert de 4 mobiles suit gundam. Kira se retrouve alor impliqué dan cette guerre malgré lui apré avoir sauvé Murrue Ramius.....